根據職責，中心下設13個處室，分別是辦公室、計劃財務處、技術標準處、體系建設處、耕地質量監(jiān)測檢測處、耕地質量評價保護處、耕地質量建設指導處、補充耕地質量鑒定指導處、補充耕地質量鑒定監(jiān)督處、農田建設項目指導處、農田建設驗收評價處、農田工程質量檢驗處、農田工程質量監(jiān)督處。